In speciale scheidingsprojecten wordt membraantechnologie voor waterbehandeling voornamelijk gebruikt voor materiaalconcentratie, afvalwaterbehandeling en eiwitscheiding in biofarmaceutica. Nanofiltratiemembraan- en elektrodialysetechnologieën spelen een rol bij selectieve scheiding op deze gebieden, zoals nanofiltratie voor de scheiding van stoffen met verschillen in molecuulgewicht en elektrodialyse om zuur- en alkaliterugwinning aan te pakken. Stroomafwaartse zuivering in de biofarmaceutica vereist ultrafiltratie en microfiltratie om virussen of celresten te verwijderen om de zuiverheid en veiligheid van het product te garanderen.